O Curso Secundário de Música tem a duração de 3 anos e está organizado por Instrumento, Canto, Formação Musical e Composição.

É possível frequentar este curso em Regime de Ensino Articulado para alunos que ingressem no 10º ano de escolaridade, mediante a realização de provas de acesso, e que pretendem prosseguir estudos de música no ensino superior. Neste regime as disciplinas de formação vocacional da música são parte integrante do plano de estudos na escola do ensino regular.

Poderá também ser frequentado em Regime de Ensino Supletivo, no qual a componente geral da formação é realizada na integra numa escola do ensino regular e a componente artística é exclusivamente realizada na Escola de Música, sendo assim independentes.