Filipe Pereira iniciou os estudos musicais na Escola de Música do Coral de Fornos aos 9 anos. Estudou na Escola Profissional de Música de Espinho com Luís Carvalho e licenciou-se na Escola Superior de Artes Aplicadas na classe do professor Carlos Alves. Bolseiro do programa ERASMUS, estudou no Lemmensinstituut, Leuven (Bélgica) com os professores Greet Severens e Eddy Vanoosthuyse. Estudou com Josep Fuster – Solista da Orquestra Sinfónica de Barcelona e Nacional da Catalunha (ONBC).
Participou em master classes com António Saiote, Carlos Alves, Luís Carvalho, Ednilson Nery, Josep Fuster e Enric Peréz Piquer. Colaborou com formações como a Banda Sinfónica e Orquestra de Jovens de Santa Maria da Feira onde se apresentou como solista, Orquestra Filarmonia das Beiras, Orquestra Regional do Norte e Orquestra do Algarve e Orquestra Sinfónica da Póvoa de Varzim.
Participou nas V e VI edições do Festival de Música de Santa Maria da Feira, onde integrou a Orquestra do Festival. Em 2003 participou na XXI edição do Festival de Música de Curitiba, Brasil.
Trabalhou sob a batuta de Osvaldo Ferreira, Joana Carneiro, Cesário Costa, Brian Schembri, Sokhiev Tougan, Manuel Ivo Cruz, Teodoro Aparício, Vasily Petrenko, Jan Cober, Douglas Bostock, Rafael Villaplana, Eugene Corporon e Francisco Ferreira, entre outros.
Premiado no Concurso Prémio Jovens Músicos da RDP em 2001 (classe de música de câmara).
Integra a Banda Sinfónica Portuguesa, formação com o qual gravou inúmeros CD’S e realizou uma digressão á China em 2014. Com este agrupamento obteve o 1º prémio no 60º World Music Contest em Kerkrade (Holanda).
É membro fundador do trio “PORTriO” (clarinete, viola de arco e piano). Com esta formação apresentou um trabalho discográfico em 2014.
Integrou várias edições do Festival Internacional de Viana do Castelo “Portugal e Estados Unidos” e do “Festival Internacional de Música de Maputo”.
Leccionou na Academia de Música e Dança do Fundão e Escola de Música Canto Firme de Tomar. Actualmente lecciona na Escola de Música Óscar da Silva.